Bölgede Tarih öncesi dönemlerin araştırıldığı ilk merkez olan Hacılar ören yeri, Hacılar Köyü’nün güneybatı bitişiğinde bulunmaktadır. Höyük denemeyecek kadar alçak ve yayvan bir ören yeri olan bu merkezin varlığı 1956’da saptanmış ve 1957 / 60 yılları arasında İngiliz bilim adamı James Mellaart’ın başkanlığındaki bir kurul tarafından kazılar yapılmıştır. Çalışmalar sonunda bu ören yerinde, insanoğlunun yiyecek üretimini, yani tarımı öğrenip uygulamaya başladığı, bunun sonucu olarak da sürekli yerleşik düzene geçildiği kabul edilen dönem olan Neolitik ’ten başlayarak (MÖ 8000 dolayları), Erken Kalkolitik ’in sonlarına kadar (MÖ 5700 - 5600), bazı kesintilerle devam eden 16 evreli bir yerleşme sürecinin var olduğu anlaşılmıştır.
Hacılarda kazıların bitiminden çeyrek yüzyıl sonra, 1985 ve 1986 yıllarında bu yerleşmenin mezarlığını araştırmak ve burası ile ilgili bazı bilinmezlere yanıtlar bulmak amacıyla, Mellaart ekibinin çalıştığı yerlerin dışındaki alanlarda, giriş kısmında sözü edilen İstanbul Üniversitesi’ne bağlı bilim kurulu tarafından Refik DURU başkanlığında kısa süreli kazılar yapılmıştır.
Bu iki aşamalı araştırmalarda elde edilmiş arkeolojik verilere göre, Hacılarda ana toprak üzerindeki ilk 7 yapı evresi, oldukça gelişmiş bir mimarlık geleneğine sahiptir. Bu dönemin sona ermesinden uzun bir süre geçtikten sonra, iskân yeniden başlamıştır. Dört ayrı yerleşme tabakası halinde olan bu yeni süreçte, önceleri basit kulübelerde oturanların, giderek olgun bir mimarlığa işaret eden, kerpiç duvarlı evler yapmaya başladıkları görülmektedir (Resim 1).
Hacılardaki yerleşmenin bir sonraki aşaması olan Geç Neolitik ve Erken Kalkolitik’ olarak tanımlanan dönemlerde, mimarlık ve çömlekçilikte bazı önemli değişmeler gözlenmekle birlikte, daha eski dönemlerde yaşayanların soyundan olan toplulukların burada yaşamlarını sürdürdükleri anlaşılmaktadır. Bir kasaba niteliğindeki bu yeni yerleşmelerin sahiplerinin çok ustalık isteyen insan, özellikle hamile kadın (Ana Tanrıça) figürinleri yaptıkları ve olağanüstü estetik değerde boyalı kap kacak ürettikleri görülmektedir (Resim 2-3).
Hacıların en geç yerleşmesinde, mimarlıkta ve hemen her konuda eskilerden farklı uygulamalar görülmektedir. Kapsamlı değişiklikler, Hacıların bu döneminin daha önce burada yaşamış halklardan farklı etnik ve kültürel kökenden gelen insanlar tarafından iskân edildiğine işaret etmektedir. Özellikle mimarlıkta değişim çok belirgindir.